1398年，一封密信送到朱棣眼前，他拆開一看，竟是侄子朱允炆要削他的藩。朱棣怒從心頭起，本來以他的資歷是可以繼承皇位的，只因朱元璋偏心，在太子朱標死后，將皇位給了朱允炆，朱允炆這才當了皇帝，而他只能遠走他鄉做了藩王。
如今朱允炆吃肉，竟然連湯都不給他留，他朱棣豈能坐以待斃？
1399年，朱棣打著「清君側」的名義，帶領大軍氣勢洶洶向南京城殺來，一路勢如破竹，銳不可當，僅用三年就兵臨南京城下。皇宮內的朱允炆驚慌失措，知道大勢已去，就在皇宮內放了一把火，他就此消失的無影無蹤，成為歷史上的一大迷案。
朱棣表面上是「清君側」，實際上要的卻是九五之尊的帝位，當他看到皇宮起火，內心憂心忡忡，但是他擔心的事情還是發生了，朱允炆不知所蹤。
但他眼下顧不得尋找，他要的是朱允炆已死的消息，這把火恰好給了他制造朱允炆死亡消息的機會。于是，大火撲滅后，朱棣急忙闖進皇宮，對著燒得兩具焦炭一樣的尸體就是一頓痛哭：「侄兒啊！你怎麼這麼傻，皇叔可是來幫你鏟除奸佞的呀！如今你去了，國不可一日無君，這可咋辦啊？」
朱棣的屬下聽出了弦外之音，死諫朱棣登基。但朱棣卻擺擺手：「我朝君王賢能者居之，還是推舉賢能者吧！」朱棣此時知道皇位就是煮熟的鴨子，不急在一時，此時他還有更重要的事情做。建文帝的舊臣還在，還有滿宮的下人，這些人一天不除，他的皇位就坐不安穩。
于是，朱棣下令凡是不臣服自己的建文帝舊臣，一律處死。凡是在后宮侍候建文帝，而且沒和建文帝鬧過矛盾的宮女太監全部誅殺。
朱棣誅殺建文帝舊臣可以理解，為什麼要處死滿宮下人呢？
因為在這些宮女中，不能排除有被朱允炆寵幸而悄悄懷上孩子的，也不能排除這些人里面就沒有朱允炆的眼線，一旦朱允炆沒死，內外勾結就可能死灰復燃。朱棣決不能讓這樣的事情發生，篩查太過困難，全部處死卻干脆利索的多。一時間朝廷內外血流成河，哀嚎遍野。
不知道是不是朱棣的殺業太重，遭到反噬，朱棣登基后，后宮佳麗無數，他還多次派人到朝鮮選妃，可他在位22年，卻沒能生下一兒半女。
這是為什麼呢？
朱棣的皇位是搶來的，屬于來路不正，朱棣為了證明自己是一個實至名歸的君主，就拼命想做出一番成績來，讓天下人信服。
因而，他就把大部分的心思放在國事上了，朱棣上位之初，就命人編纂了《永樂大典》，他是主審，這是中國歷史上規模zui大的百科全書，耗時3年才完成。他派鄭和下西洋，七次航海，向世界展示了明朝的國力，推進了東西方文化和貿易的交流。此外，朱棣還在永樂八年到永樂二十二年期間，親率大軍五次北伐，大大鞏固了明帝國的北部邊防。朱棣還與北方少數民族地區重修舊好，建立友好關系。
朱棣雖然把絕大部分時間用于國事，但身為皇帝還肩負著開枝散葉，繁衍子嗣的任務。據史書籍記載，朱棣在16歲的時候，娶了徐達的女兒為妻，夫妻十分恩愛，共育有三個兒子，四個女兒。
朱棣登基后，就立徐氏為皇后，徐皇后賢德，自知身子虧損，已經不適合生育，就勸說朱棣廣納侍妾。
在朝鮮的《李朝實錄》中記載，朱棣在登基之后就喪失了生育能力，書中記載，朱棣非常寵愛一個叫權妃的朝鮮朝鮮女子。可權妃不知何故去世了，朱棣的妃子賈氏誣陷是呂妃謀害致死的，朱棣大怒，處死了大量宮人。
後來，朱棣聽說賈氏和呂氏與太監私通，朱棣龍顏震怒，立馬賜死了賈呂兩位嬪妃。此等丑事的發生，令朱棣疑心大起，他命人徹查后宮，結果又牽扯出謀逆之事。
朱棣勃然大怒，不分青紅皂白，將2800名宮女太監全部斬殺，這就是歷史上有名的「呂魚之亂」。
行刑前，有一宮女詬帝曰：「自家陽衰，故私年少寺人，何咎之有？」意思是，你自己不行，我們才和宦官私通，這有什麼罪過呢？由此可見，根據《李朝實錄》的記載來看，朱棣應該是喪失了生育能力。
朱棣雖然子嗣較少，但他百年后，子嗣依然將大明治理的井井有條，由此可見，子嗣并不是越多越好，而是越精越好。
