1908年11月，光緒皇帝和慈禧太后接連去世。作為慈禧太后生前最寵信的太監，李蓮英在操持完兩人葬禮后，終于離開了生活半個多世紀的紫禁城，隆裕太后鑒于李蓮英的貢獻，給了他一筆銀子。

與其他太監選擇寺廟作為自己終老之地不同，李蓮英早年就在北京棉花胡同購買了房子。離開紫禁城后，李蓮英閉門謝客，過著吃齋念佛的生活。然而，僅僅過了三年李蓮英就去世了。作為晚清著名人物，李蓮英之死引起了人們的爭議，他究竟是怎麼死的？

在李蓮英的葬禮上，家族親人解釋李蓮英是患上痢疾，從發病到去世不到兩三天。李蓮英死后，特賞賜白銀1000兩，并賜恩濟莊塋地（即如今北京海淀區「六一」學校舊址）一塊讓他下葬。就在大家認為李蓮英蓋棺定論時，55年后卻再起波瀾。

1966年初夏，「六一」學校老師趙廣智等六人接到任務，將學校一個角落里的李蓮英墓地挖開。李蓮英墓地非常堅固，使用了三合土（糯米湯、雞蛋清、黃土以及白石灰混合制成），經過一個星期外加報廢了三把鐵錘后，大家終于得以進入墓室。

誰也沒想到，棺內場景讓現場所有人震驚了，嚇得后背發涼倒吸一口涼氣。趙廣智回憶時說：「里邊平平整整躺著一個人形，有頭，有胳膊，有腳，蓋著被子。」大家開始清理棺內物品，接下來的一幕讓趙廣智一輩子都無法忘懷，「尸骨只剩下一顆頭顱，我到現在還清楚的記得那顆頭顱的樣子，顴骨高，噘著嘴。不是骷髏，上面還包著一層皮。」

李蓮英家族親人不是說她病死的嗎？怎麼棺內只剩下一口頭顱呢？這表示李蓮英是死于非命，究竟誰謀殺了他？一時間各種說法層出不窮。

後來，李蓮英的侄孫女給出了一種解釋，李蓮英是在去討債的路上被人砍掉了腦袋。

按照這個侄孫女的說法，李蓮英去山東探望自己的親人，并順道去討債，結果在途中遭遇到了仇家，被一刀砍掉了腦袋。隨從們嚇得魂飛魄散，其中一人用衣服包住李蓮英的頭顱帶回了北京。

當然上面這個說法并沒有得到史學界的公認，李蓮英為何死后身首異處，也許永遠是一個未解之謎了。那麼，李蓮英的頭顱結果如何呢？筆者查閱資料發現，李蓮英墓地被挖開陪葬品被提取上交后，他的頭顱被隨意丟棄了，曾一度被學生們當足球踢來踢去，最后扔到學校廁所茅坑了，再後來的下落就無人知曉了。